近年来，随着我国医疗水平不断完善，最新研究发现，病原微生物宏基因组二代测序（mNGS）在感染性疾病检测中可获得显著价值，其能够在未依赖预知病原体前提下，获得不同病原微生物的基因序列实施鉴定，且能够快速分辨出病毒、真菌、细菌以及寄生虫，甚至可反映新型病原微生物，进而为临床抗感染提出针对性指导作用。

图片来源：Small Methods . 2021 Jan 4;5(1):2000792.

 

一、概述

      病原宏基因组二代测序（mNGS）是不基于培养，直接从环境/临床样品中提取全部微生物的DNA，利用基因组学的研究策略研究环境样品中所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能，可广泛分析临床样本微生物组（细菌、真菌、病毒）的高通量测序方法。mNGS技术对免疫抑制人群和重症感染人群的病原学诊断起到了突破性作用。其优点在于不需要培养，不需要前提假设，能够基本达到对细菌、病毒、真菌和寄生虫等所有已知基因序列的病原微生物全覆盖，且具有检测新发病原体和罕见病原的能力。

 

      近年来感染类疾病相关研究举例：

图片来源：High-Throughput Metagenomics for Identification of Pathogens in the Clinical Settings.

 

二、临床应用

      病原微生物宏基因组目前主流临床适用场景：

1、患者表现为发热或发热症候群，病因未明确（符合不明原因发热定义），考虑感染或不除外感染，但规范性经验抗感染治疗无效，在应用常规技术检测的基础上，开展mNGS产品检测。

2、各种原因导致患者急危重症表现，不除外感染所致，或考虑继发或并发危及生命的严重感染，在常规检测的基础上，开展mNGS产品检测。

3、免疫受损患者疑似继发感染，常规病原学检查未能明确致病原或/和规范性经验抗感染治疗无效，建议进一步完善常规病原学检测的同时，或在其基础上，开展mNGS产品检测。

4、疑似局部感染，病原学诊断未明确、不及时处理则后果严重时，在常规检测的基础上，开展mNGS产品检测。

5、高度疑似感染性疾病，但病原学诊断未明确且常规抗感染治疗无效，建议进一步完善常规病原学检测、处理原发感染灶，调整经验抗微生物治疗方案的同时开展mNGS检测。

6、慢性感染，或慢性疾病不除外感染，尤其是二者临床表现相似、难以鉴别时，病情严重或抗感染治疗疗效不佳需要明确病因，建议在完善常规检测、调整经验治疗的同时开展mNGS产品检测。

7、其他患者疑似特殊病原体感染或从相关流行病学角度考虑需要进行mNGS产品检测。

 

三、华测mNGS(DNA+RNA)检测项目

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项目简介

      本项目采用病原宏基因组（mNGS）分析检测技术，该技术基于 Illumina 高通量测序技术，并利用生物信息学方法进行分析，覆盖 20000+病原体。与传统方法相比，本项目具有无偏倚、高效率、广覆盖等特点，是一种新的不依赖传统微生物培养而广泛分析临床样本中微生物组(细菌、真菌、病毒、寄生虫)的高通量测序方法。本检测适用于不明原因发热、疑难危重、中枢神经系统、呼吸道等感染患者。DNA+RNA检测流程：当感染类型难以明确时，可全面覆盖DNA病原体与RNA病毒。

 

产品优势

稳丨标准化实验室质量管理体系，检测稳定可靠

全丨全面的检测流程，病原种类全覆盖

高丨高测序数据量，带来病原检测高敏感性

准丨临床级别数据库和核心智能算法，结果精准

 

样本要求

 

参考文献

[1] T.  Charalampous, G. L.  Kay, H.  Richardson, A.  Aydin, R.  Baldan, C. Jeanes, D. Rae, S. Grundy, D. J. Turner, J. Wain, R. M. Leggett, D. M. Livermore, J. O’Grady, Nat. Biotechnol. 2019, 37, 783.

[2] Y. M. Deng, N. Spirason, P. Iannello, L. Jelley, H. Lau, I. G. Barr, J. Clin. Virol. 2015, 68, 43.