黏多糖贮积症(mucopolysaccharidoses,MPS)是一组罕见的溶酶体病,由于溶酶体内酶的缺乏,导致黏多糖(长链糖分子)在细胞内、血液和结缔组织中沉积,引发临床症状。
目前已有针对部分MPS类型的治疗方法,然而,对于MPS III尚缺乏具体方法,为了更好理解MPS III的代谢变化,靶向和非靶向代谢组学的联合应用,对于揭示该疾病的整体代谢变化、理解相关分子机制、以及寻找治疗方法具有重要意义。
01研究方法
1.尿液样本采集:共采集49名未经治疗的MPS III患者和66名健康受试者的尿液样本。
2.代谢组学研究:针对尿液样本,开展非靶向代谢组学研究;对于氨基酸代谢开展靶向代谢组学分析。
3.数据分析:统计学分析实现差异代谢物的筛选鉴别;生物信息学分析揭示功能通路变化以及氨基酸类代谢物富集情况。
02研究结果
非靶向代谢组学分析揭示了疾病组(分为MPSIIIA、MPSIIIB、MPSIII C和MPSIIID四个亚型)与对照组之间的明显区别,并挖掘出包含N-乙酰-5-羟色胺、N-琥珀酰-l,l-2,6-二氨基苯甲酸、辛烷酰葡萄糖醛酸和3-2-羟基苯基-丙酸等在内的差异代谢物。
发现了在MPSIII中氨基酸代谢和脂肪酸通路显著改变。因此,研究人员开展靶向代谢组学分析,对24种氨基酸检测分析,结果显示MPS III各亚型样本中多种氨基酸存在代谢异常。
进一步聚类和相关性分析显示,某些氨基酸在不同的MPS III亚型中具有诊断指标潜在价值。
03研究结论
该研究报道了MPS III患者的尿液代谢组学研究相关结果,并筛选出具有潜在诊断价值的生化指标。代谢组学结果显示,疾病与氨基酸相关代谢密切联系,其中精氨酸-脯氨酸代谢和尿素循环途径变化显著。
此发现可关联到该疾病的溶酶体功能障碍,精氨酸、天冬氨酸、N-乙酰-L-天冬酸(NAA)及其衍生物N-乙酰天冬酰谷氨酸(NAAG)的代谢缺陷,可见于多种溶酶体贮积病。该研究揭示了关键氨基酸的显著代谢紊乱,证实了MPSIII深刻的代谢途径重塑。
04 研究结果展开
图1.MPS III开展代谢组学研究推进流程,包含实验设计、数据采集、通路分析与文献挖掘
图2.非靶向代谢组学挖掘MPSIIIA、MPSIIIB、MPSIII C和MPSIIID四个亚型的代谢谱特征
a.热图显示聚类分析结果,展示5组样本之间差异代谢物。
b.OPLSDA分析显示MPSIIIA、MPSIIIB、MPSIII C、MPSIIID与对照组之间的代谢物差异。
c.OPLSDA分析显示MPSIIIA、MPSIIIB、MPSIII C和MPSIIIC之间的代谢物差异。
d.OPLSDA分析显示MPSIIIA和对照组之间代谢物差异。
e.OPLSDA分析显示MPSIIIB和对照组之间代谢物差异。
f.OPLSDA分析显示MPSIIIC和对照组之间代谢物差异。
g.OPLSDA分析显示MPSIIID和对照组之间代谢物差异。
表1.非靶向代谢组学鉴定出MPSIIIA、MPSIIIB、MPSIII C和MPSIIID四个疾病亚型的代表性差异代谢物
表2.MPSIIIA、MPSIIIB、MPSIII C和MPSIIID四个疾病亚型的代表性差异代谢物相关量值
表3.MPSIIIA、MPSIIIB、MPSIII C和MPSIIID四个疾病亚型的异常代谢通路
表4.24种氨基酸、游离肉碱和酰基肉碱的曲线下面积/可信度/倍数变化
图3.靶向代谢组学挖掘MPSIIIA、MPSIIIB、MPSIII C和MPSIIID四个亚型的氨基酸代谢谱特征
a.热图显示MPSIIIA、MPSIIIB、MPSIII C和MPSIIIC之间的24种氨基酸代谢物差异。
b.Spearman等级相关系数分析展示MPSIIIA样本间24种氨基酸代谢物。
c.Spearman等级相关系数分析展示MPSIIIB样本间24种氨基酸代谢物。
d.Spearman等级相关系数分析展示MPSIIIC样本间24种氨基酸代谢物。
e.Spearman等级相关系数分析展示MPSIIID样本间24种氨基酸代谢物。
图4.环状柱形图展示MPS IIIA、B、C和D四组中24种氨基酸及相关p值(可见表4)
图5.基于氨基酸差异变化的代谢通路富集分析
a.MPS IIIA组样本与对照组间氨基酸代谢通路富集分析。
b.MPS IIIB组样本与对照组间氨基酸代谢通路富集分析。
c.MPS IIIC组样本与对照组间氨基酸代谢通路富集分析。
d.MPS IIID组样本与对照组间氨基酸代谢通路富集分析。
e.韦恩图展示四个亚组均展示2个异常通路(精氨酸-脯氨酸代谢和尿素循环途径)。
05总结与启发
该篇文献发表于Journal of Translational Medicine(IF=8.4),从这篇文章中,ag真人平台官方可以了解或借鉴到:
1.实验队列:研究收集49名MPS III患者尿液样本,并以66名健康受试者尿液样本作为对照。
2.组学方法:利用非靶向代谢组学进行了代谢物差异的初步筛选分析;利用靶向代谢组学进行氨基酸代谢物的进一步靶向验证。
总之,该文献主要是基于代谢组学的研究,所有内容均涉及代谢组学相关范畴,临床科研老师基于罕见病中代谢类罕见疾病尿液样本的收集,合理应用代谢组学这种强大的工具,提供全面的代谢信息,为罕见疾病的诊断和治疗提供重要依据。
参考文献
Tebani,A.,Abily-Donval,L.,Schmitz-Afonso,I.,Héron,B.,Piraud,M.,Ausseil,J.,Zerimech,F.,Gonzalez,B.,Marret,S.,Afonso,C.,&Bekri,S.(2018).Unveiling metabolic remodeling in mucopolysaccharidosis type III through integrative metabolomics and pathway analysis.Journal of Translational Medicine,16(1),248.doi:10.1186/s12967-018-1625-1.
华测多组学科研服务AI+靶向代谢组学智能临床转化平台亮相第二届多组学科研大会
2024年3月30日至31日,第二届多组学科研与临床应用大会在上海丽昂豪生大酒店盛大开幕,大会以“聚焦多组学,从科研到临床”为主题,吸引了国内外众多专家学者相关的基础研究、临床应用、产业从业者参与,全场座无虚席。
2024-04-02 00:59:15
CTI华测艾普满分通过2023年“全国血液微生物cfDNA宏基因组高通量测序室间质量评价预研活动”
11月15日,国家卫生健康委临床检验中心公布了2023年全国血液微生物cfDNA宏基因组高通量测序室间质量评价预研活动结果报告,经过严格的考核与评估,华测艾普医学检验所(以下简称“华测艾普“)满分通过了此次考评,以优秀的成绩展现了其精准化医疗服务的实力,代表着华测艾普的检测能力获得国家权威机构的充分认可,是华测艾普医学技术实力和高质量水平的充分体现,也印证了华测艾普在病原微生物宏基因组检测领域的重要地位。
2023-11-20 22:34:55
会议预告|CTI华测艾研邀您参加第二届单细胞技术及组学应用发展大会
为促进单细胞及组学应用领域的交流与发展,2023年5月19-20日第二届单细胞技术及组学应用发展大会,以“聚焦技术前沿,加速科研转化”为主题,特邀70+行业领袖,1000+专家代表;多形式打造全方位产学研资交流平台,邀请单细胞及组学领域的科学家、企业家、投资人等各界代表共商行业发展。
2023-05-15 10:30:55